1. Mengembangkan sumber daya manusia yang kompeten dan profesional 

2. Menyediakan sarana dan prasarana yang canggih dan mutakhir dalam menghasilkan darah yang sesuai standar 

3. Menjaga ketersediaan darah yang cukup, aman dan bermutu 

4. Membangun citra melalui komunikasi yang efektif dengan stakeholder

Sesuai keputusan Pengurus Daerah PMI DKI Jakarta No.104/KEP/PD.PMI//IX/2009 tentang organisasi dan tata kerja PMI DKI Jakarta pasal 36, struktur di UTD PMI DKI Jakarta terdiri dari :

1. Kepala Unit Transfusi Darah
2. Wakil Kepala Unit Transfusi Darah
3. Bagian Administrasi
 a. Subbagian Tata Usaha dan Kepegawaian
 b. Subbagian Logistik
 c. Subbagian peralatan teknis
 d. Subbagian Pengolahan Data
4. Bagian Keuangan
 a. Subbagian Penerimaan
  b. Subbagian Pembukuan
 c. Subbagian Kas
5. Bidang Pengadaan Darah
 a. Seksi Pengerahan, Pelestarian dan Penghargaan Donor
 b. Seksi Pengambilan Darah
 c. Seksi Konfirmasi Donor
6. Bidang Pengolahan dan Penyimpanan Darah
 a. Seksi Komponen Darah
 b. Seksi Penyimpanan dan Distribusi
 c. Seksi Uji Saring IMLTD
 d. Seksi Pemeriksaan Ulang Golongan Darah
7. Bidang Uji Mutu
 a. Seksi Uji Mutu Produk
 b. Seksi Uji Mutu Alat
8. Bidang Pelayanan Darah
  a. Seksi Pelayanan Pasien
  b. Seksi Pelayanan Bank Darah
  c. Seksi Pelayanan Rujukan
9. Komite Kualitas
10. Komite Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3)